Um dos maiores vilões da qualidade da água no Brasil é a oferta de saneamento básico. Pouco mais da metade da população brasileira, 52,4%, tinha coleta de esgoto em 2017, e apenas 46% do esgoto total é tratado, de acordo com o Sistema Nacional de Informações sobre Saneamento (SNIS), do Ministério do Desenvolvimento Regional. Não só a carência de coleta e de tratamento de esgoto é problemática, mas também a poluição causada por indústrias e pela agricultura, como o lançamento de agrotóxicos. O desmatamento de matas ciliares, que acontece em todas as bacias hidrográficas do Brasil, altera a quantidade e a qualidade dos corpos hídricos. As perdas físicas e comerciais de água são outro grande problema. Elas são causadas por vazamentos nas tubulações, fraudes e erro de leitura nos hidrômetros e ficaram em torno de 38%, em média, em 2017, de acordo com o SNIS. A média em países desenvolvidos é inferior a 20%.
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