O IBAP-RJ atua através de Núcleos Especializados de Pesquisa Aplicada, os quais combinam a busca de conhecimentos, em diferentes áreas, com suas aplicações práticas, sob a forma de projetos de consultoria e assistência técnica. Os Núcleos são constituídos por equipes com especialistas selecionados por sua rigorosa formação acadêmica e reconhecida experiência profissional em consultoria.

Atualmente, os principais Núcleos são aqueles dedicados aos estudos e projetos voltados para:

• Centros Integrados de Atendimento ao Cidadão;
• Gestão Integrada para Resultados;
• Desenvolvimento e Governança;
• Gestão de Pessoas;
• Gestão Social e Ambiental;
• Tecnologia da Informação e
• Comunicação;
• Processos Seletivos;
• Mobilidade Urbana (Transporte e Trânsito).